Localizada em Bonito, Mato Grosso do Sul, a caverna possui em seu interior um lago subterrâneo que adquire a cor azul intensa sob incidência dos raios solares. Descoberta em 1924 por um índio Terena a Gruta do Lago Azul é uma das mais importantes cavernas do patrimônio espeleológico nacional e um dos mais importantes atrativos naturais de Mato Grosso do Sul. O excepcional valor paisagístico, foi motivo para seu tombamento pelo IPHAN(Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional).
Além da inusitada paisagem subterrânea, a caverna apresenta concentração de fósseis de mamíferos pleistocênicos e conjunto de minerais raros, na forma de frágeis aglomerados, também local da presença de crustáceos endêmicos que habitam o lago subterrâneo. Em função de ser uma caverna com grande abertura para o exterior, possibilita iluminação natural, o que proporciona atividade turística de baixo impacto ambiental, a qual pode ser ainda mais aprimorada com a definitiva implantação do Monumento Natural Gruta do Lago Azul.

   Em 1990 foi descoberto e descrito o crustáceo Potiicoara brasiliensis, a primeira espécie endêmica de cavernas da Serra da Bodoquena.  Os mergulhos de exploração começaram a ser realizados em 1992 com a Expedição Franco-Brasileira de espeleomergulhadores, que encontraram uma série de fósseis de mamíferos que viveram durante o período geológico do Pleistoceno. Após essas descobertas, o acesso ao lago ficou restrito.
Em 2015 uma nova Expedição foi realizada na Gruta do Lago Azul, envolvendo uma equipe de mergulhadores, fotógrafos, cinegrafistas, jornalistas e pesquisadores. Os mergulhos de exploração realizados até o momento chegaram há uma profundidade de 96 metros. A captação de imagens videográficas e fotográficas da porção subaquática da Gruta do Lago Azul são essenciais para interpretação das realidades paleontológicas, geológicas, biológicas entre outras.  A produção do material ajudará a promover o turismo na região de forma preservacionista sendo uma ferramenta fundamental ao apoio de trabalho científicos além de atrair investimentos para região.

A história geológica registrada na Gruta do Lago Azul tem que ser dividida em dois estágios, o primeiro relativo à origem das rochas onde a caverna vem se formando e o segundo relativo à formação da própria caverna e do relevo associado.
A Gruta do Lago Azul desenvolve-se em dolomitos da Formação Bocaina do Grupo Corumbá, rochas que apresentam a característica de serem solúveis sob a ação das águas ácidas, proporcionando o desenvolvimento de paisagem cárstica da região. Os carbonatos do Grupo Corumbá formaram-se no Neoproterozóico, provavelmente entre 580 e 540 milhões de anos atrás, após um período sob o qual o planeta encontrava-se sob uma glaciação que se supõe ter sido muito intensa, com a possibilidade de a Terra ter ficado totalmente coberta pelo gelo (Hipótese da Terra Bola de Neve, ou Snowball Earth Hypothesis – Hoffann & Schrag, 2002). O registro desta glaciação é encontrado na região, na forma de conglomerados da Formação Puga.

Após a glaciação ter-se-ia aberto um oceano através da separação de massas continentais, antes aglutinadas na forma do supercontinente Rodínia.
Nesse oceano ocorriam apenas formas primitivas de vida, na sua maioria microbianas, que proporcionaram intensa sedimentação carbonática do Grupo Corumbá. Ao final da sedimentação dos carbonatos, antes da transição do Pré-Cambriano com o Fanerozóico, teriam surgido as primeiras formas de vida animal na forma dos fósseis Cloudina e Corumbella (Hahnet al., 1982; Zaine & Fairchild, 1985), encontrados em Corumbá(MS). Por volta de 520-530 milhões de anos atrás, as massas continentais, antes separadas, passaram-se a se aproximar e os sedimentos anteriormente depositados foram intensamente dobrados e onde era um oceano se formou-se elevada cadeia de montanhas (Faixa de Dobramentos Paraguai) com as rochas carbonáticas ficando expostas e sujeitas à erosão até os tempos atuais.
Inicia-se assim o segundo capítulo da história geológica do sítio, relacionado ao esculpimento do atual relevo e evolução da fauna e flora e, de uma forma geral, da atual paisagem que caracteriza a região, o qual teria se iniciado por volta de 60 milhões de anos atrás, no início da Era Cenozóica, sem que seja possível definir com precisão quando teria dado início a formação da Gruta do Lago Azul, juntamente com as demais cavernas da região, as quais, por sua vez, continuam ainda em processo de formação.